Está constituida por tres cargos unipersonales -Presidencia, Secretaría y Tesorería- que se ejercen por turno rotatorio de las universidades cada dos años.

Su función principal es la de ejecutar los acuerdos de la Asamblea.

Junta Ejecutiva 2022

• Presidencia: Jose Franciso Cervera Mérida (UCV)
• Secretaría: Miguel Lázaro López-Villaseñor (UCM)
• Tesorería: Manuel Peralbo Uzquiano (UDC) 

Juntas Ejecutivas anteriores

2020/2022

• Presidencia: Tatiana Rovira Faixá  (UAB)
• Secretaría: Vanesa Perez García (E. Gimbernat. C.)
• Tesorería: Begoña Polonio López (UCLM) 

2018/2020

• Presidencia: Josep María Vila i Rovira (URLl)
• Secretaría: Antonio Ferrer Machón (UV)
• Tesorería: Mireia Torralba Roselló (UVic-UCC) 

2016/2018

• Presidencia: Francisco Alberto García Sánchez (UM)
• Secretaría: Elena García Vega/  Luis Castejón Fernández  (UniOvi)
• Tesorería: Dolors Rivas Serrat (UPSA)